El Centro viene realizando estudios de Vigilancia epidemiológica de resistencias microbianas desde 1996. Para su realización ofrece el diseño individualizado del estudio, la organización del sistema de recogida de muestras, el suministro de todo el material necesario para la conservación de muestras o cepas en el punto de recogida y para su envío, los servicios de mensajería nacional o internacional, la atención continuada a los clientes durante su desarrollo, la conservación de cepas o sueros en las condiciones adecuadas, etc.

En este sentido el Centro ha participado en varios estudios de vigilancia (Surveillance) de resistencia para industrias farmaceúticas, y ha   sido el laboratorio de la Red de Vigilancia Epidemiológica de la gripe de la Comunidad Valenciana desde el año 1996, hasta el año 2011, realizando la recogida de las muestras de la red de médicos centinelas, el aislamiento de virus influenza, su identificación y tipado.