Virus transmitidos por aguas y alimentos:  

Calicivirus (Norovirus y Sapovirus), Rotavirus, Enterovirus, Hepatitis A, Hepatitis E, Adenovirus humanos intestinales y Astrovirus. 

Detección molecular mediante RT-PCR o PCR en tiempo real (Real time-PCR), con concentración de virus por filtración

Los virus que pueden transmitirse a través de aguas o alimentos contaminados, son virus que se eliminan en gran número con las heces (10⁵ a 10¹¹ partículas virales –viriones- por gramo de heces) a partir de personas infectadas. Esto ocurre con Calicivirus (Norovirus y Sapovirus), Rotavirus, Enterovirus, Hepatitis A, Hepatitis E, Adenovirus humanos intestinales y Astrovirus. La mayoría causan gastroenteritis aguda, pero otros como el virus de la hepatitis A o de la hepatitis E son causantes de enfermedad hepática.

Al eliminarse con las heces de personas infectadas en concentraciones elevadas, es la vía fecal-oral, a través de agua o alimentos contaminados con ellos, el modo predominante de transmisión. Otra vía es el contacto directo cutáneo-oral. Estos virus se han encontrado en aguas residuales, aguas residuales tratadas para su vertido en aguas superficiales, aguas de ríos, aguas marinas y aguas potables de red. A través de las aguas contaminadas pueden contaminarse alimentos como frutas y verduras. Estos virus pueden permanecer viables incluso semanas o meses en condiciones ambientales adecuadas.

Se han producido brotes incluso en países desarrollados con aguas de consumo y sistemas de tratamiento de aguas residuales, ya que el cumplimiento de los indicadores de contaminación fecal bacterianos (Escherichia coli o coliformes), no implica la ausencia de virus viables. Sin embargo, existe suficiente consenso de que no existe correlación entre las concentraciones contaminantes de bacterias y de virus en aguas. Por otra parte, se requieren métodos muy sensibles para detectar la presencia de virus entéricos en aguas potables o en aguas superficiales, ya que sólo se necesitan 10 partículas (viriones) de Norovirus para infectar a una persona susceptible. Algunos de los métodos de filtración con membranas de carga positiva para concentrar virus y eluirlos posteriormente ha sido criticados porque los componentes utilizados para facilitar la concentración por membrana o la elución posterior pueden inhibir las pruebas moleculares de detección.

Métodos realizados en IVAMI:

• Concentración de virus mediante filtración por membranas y elución posterior.

• RT-PCR en tiempo real para virus con genoma ARN, o PCR en tiempo real para virus con genoma ADN, siguiendo para virus de hepatitis A y Norovirus las directrices de la norma ISO 15216-2.

Tipos de muestras:

• Aguas superficiales, aguas residuales, aguas de efluentes de estaciones depuradoras de aguas residuales: se recomienda la recogida de 5 litros. El volumen mínimo de agua requerido es de 1 litro.

• Alimentos: el peso mínimo aconsejado para alimentos es de 100 gramos.

• Moluscos bivalvos: cantidad suficiente parta obtener 20 gramos de masa corporal.

Conservación y envío de la muestra:

• Refrigerada (preferido) durante menos de 2 días.

• Congelada: más de 2 días.

Plazo de entrega de resultados

• Pruebas de RT-PCR y PCR en tiempo real: 48 a 72 horas en días laborables.

• Pruebas de RT-PCR y PCR en tiempo real, seguidas de secuenciación para tipado, cuando corresponda: 4 a 5 días laborables.

Coste de la prueba:  

• Preparación de las muestras de aguas o de suspensiones o lavados de alimentos, con concentración de virus por filtración por membranas y elución de virus (cada muestra recibida): Consultar a ivami@ivami.com.

• Pruebas de RT-PCR y PCR en tiempo real en los concentrados de virus eluidos de las membranas de filtración. Consultar a ivami@ivami.com.

• Tipado molecular, cuando corresponda y se solicite según el virus (por ejemplo, Caliciviridae para diferenciar tipos de Norovirus y Sapovirus; especie de Rotavirus; tipado de Enterovirus; genotipado de hepatitis A; especie de Adenovirus; …): Consultar a ivam,i@ivami.com.