Coronavirus COVID-19 (2019nCoV; Coronavirus Wuhan): Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real).

Información 22-01-2020 //31-01-2020. 

El coronavirus de Wuhan, también llamado nuevo coronavirus (2019-nCoV) o COVID-19 (Coronavirus disease 2019)  virus de neumonía del mercado de mariscos de Wuhan y virus de la neumonía de Wuhan, es un virus que pertenece a la familia de los Coronavirus (Coronaviridae) con ARN monocatenario positivo (+ssRNA).

La epidemia de neumonía por un nuevo coronavirus de 2019-2020, comenzó a mediados de diciembre de 2019 en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, en China central, cuando apareció un grupo de personas con neumonía de causa desconocida, vinculada principalmente a trabajadores del Mercado de Mariscos de Huanan, dedicado a la venta de animales vivos. Posteriormente, los científicos chinos aislaron un nuevo tipo de Coronavirus que fue denominado 2019-nCoV, y que tiene una similitud de al menos el 70% en su secuencia genética con el SARS-CoV. ​

El primer caso sospechoso fue informado el 31 de diciembre de 2019, después de tres semanas de la aparición de los primeros afectados con síntomas, el 8 de diciembre de 2019. ​El primer fallecimiento por el virus ocurrió en un varón de 61 años el 9 de enero del 2020, cliente habitual del mercado de Wuhan, que ingresó en el hospital por insuficiencia respiratoria y neumonía grave. El paciente padecía enfermedades subyacentes significativas, incluyendo enfermedad hepática crónica (con un tumor abdominal y cirrosis).

El 31 de diciembre de 2019, la Comisión Municipal de Salud de Wuhan informó de un grupo de 27 casos de neumonía de etiología desconocida, incluidos siete casos graves, que tenían en común la asistencia a un mercado mayorista de peces y animales vivos en el que se vende diferentes especies animales. Los casos mostraron síntomas comunes de varias enfermedades respiratorias como fiebre, disnea y pruebas radiológicas compatibles con infiltrados pulmonares bilaterales.

El mercado donde se pensó que se originó el brote fue cerrado el 1 de enero de 2020 y los afectados con síntomas fueron aislados. Algunos casos no informaron ninguna exposición a este mercado específico, sino a otros mercados de alimentos en Wuhan. En algunos casos no hubo conexión directa con un mercado de alimentos. El 9 de enero 2020, la OMS confirmó que se había aislado un nuevo tipo de Coronavirus en una persona hospitalizada.

Aunque el virus parece transmitirse a los humanos a partir de animales, aún se deben identificar los animales concretos hospedadores, la ruta de transmisión, el período de incubación, las características de la población susceptible y las tasas de supervivencia.

La Comisión Nacional de Salud de China confirmó el 20 de enero del 2020 que este nuevo Coronavirus puede transmitirse entre personas.​ La Organización Mundial de la Salud advirtió que podría originarse una epidemia internacional,​ y se incrementaron los temores debido a la cercanía de las celebraciones del Año Nuevo Chino.

Cuando se ha propagado entre personas, como ocurre con los Coronavirus MERS y SARS, se cree que la transmisión se produce a través de gotitas respiratorias producidas cuando una persona infectada tose o estornuda, de manera similar a cómo se propagan otros patógenos respiratorios. Todavía no está claro con qué facilidad 2019-nCoV se propaga de persona a persona.

La Organización Mundial de la Salud (OMS) convocó a una reunión de su Comité de Emergencia para el 22 de enero, con el fin de determinar si la epidemia constituye un riesgo de salud pública de interés internacional, bajo las regulaciones del Reglamento Sanitario Internacional.

El 22 de enero de 2020 la revista científica Journal of Medical Virology publicó un informe con el análisis genómico que refleja que las serpientes en el área de Wuhan (Bungarus multicinctus, una serpiente altamente venenosa, existente en el Mercado de Alimentos de Wuhan) son el reservorio de animales de vida silvestre más probable para el virus, pero se requiere continuar con las investigaciones para confirmarlo

El virus se ha extendido a Bangkok (Tailandia), Tokio (Japón), Seúl (Corea del Sur), Pekín (China), Shanghái (China), Guangdong (China), Dayuan (Taiwán), Hong Kong (China) ​ Macao (China), EE.UU.​, Vietnam y Singapore​. Ha habido al menos 17 muertes, principalmente en y alrededor de Wuhan, y se han producido al menos hasta ahora 913 casos conocidos (información 22 de enero de 2020).  El Medical Research´s Center for Global Infectious Disease Analysis del Imperial College en Londres, estima que hasta 4.000 personas están infectadas con el Coronovirus en la ciudad de Wuhan.

Actualización de incidencia de casos (31-01-2020):

Desde el 31 de diciembre de 2019 y hasta el 31 de enero de 2020, se ha informado de 9 836 casos confirmados por laboratorio de la nueva infección por coronavirus (2019-nCoV), con más de 70 casos importados en otros países de todo el mundo, incluidos 17 trabajadores sanitarios y 213 fallecimientos. Según los medios, uno de los fallecimientos fue el de un médico que trabajaba en un hospital en Wuhan y que había tratado a pacientes de 2019-nCoV. (ECDC 31 enero 2020).

El 20 de enero, las autoridades sanitarias chinas confirmaron la transmisión de persona a persona fuera de la provincia de Hubei.

El 24 de enero de 2020, los tres primeros casos importados en la Unión Europea de infección por 2019-nCoV se identificaron en Francia y se notificó un caso adicional el 29 de enero de 2020. El 28 de enero, se informó en Alemania de un grupo de cuatro casos adquiridos localmente, con enlaces indirectos a Wuhan. El 29 de enero, Finlandia notificó un caso importado de infección.

El 30 de enero de 2020, el director de la OMS declaró que el brote de 2019-nCoV constituye un PHEIC (Public Health Emergencies of International Concern), es decir una situación de emergencia de Salud Pública de interés Internacional (ver https://www.who.int/ihr/procedures/pheic/en/), sometidas a Regulaciones Sanitarias Internacionales (IHR: International Health Regulations, 2005) (ver https://www.who.int/ihr/publications/9789241596664/en/). 

En España el 31 de enero de 2020, las autoridades sanitarias españolas informaron el primer caso en La Gomera. Se trataba de uno de los cinco alemanes que habían sido aislados en un hospital por haber estado en contacto con una persona afectada por el Coronavirus en Alemania.

En total se han informado del siguiente número de casos en las siguientes regiones y países:

Asia: China (9 723), Tailandia (14), Japón (14), Singapur (13), Taiwán (9), Malasia (8), República de Corea (7), Vietnam (5), Camboya (1), Nepal (1), Filipinas (1, importado), India (1) y Sri Lanka (1). 

Europa y Oriente medio: Francia (6, uno de ellos adquirido localmente), Alemania (5, todos ellos adquiridos localmente), Italia (2, ambos importados), Reino Unido (2, ambos importados) y Finlandia (1), España (1, importado), Emiratos árabes (4). 

América: Estados Unidos (6) y Canadá (3). 

Oceanía: Australia (9). 

Características del virus y su patología

Este nuevo Coronavirus (2019-nCoV) pertenece al Phylum Riboviria, Orden Nidovirales, Familia Coronaviridae, Género Betacoronavirus, Subgénero Sarbecovirus. Sus sinónimos actuales son: Wuhan Coronavirus, Wuhan flu (gripe de Wuhan), Wuhan pneumonia (neumonía de Wuhan), Yewi (wild animal) pneumonia o Wuhan seafood market pneumonia virus (virus de la neumonía del mercado de mariscos de Wuhan).

Los Coronavirus son una gran familia de virus que son comunes en muchas especies diferentes de animales, incluidos camellos, vacas, gatos y murciélagos. En raras ocasiones, los Coronavirus animales pueden infectar a las personas y luego propagarse entre personas, como ocurre con los Coronavirus causantes de MERS y SARS.

Este brote recuerda el brote de Coronavirus ocurrido previamente en China en 2003, causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS/SRAS), causado por el nuevo Coronavirus SARS-CoV. El SARS-CoV se propagó rápidamente a otros países desde el Sur de China en 2003 e infectó a más de 3.000 personas, causando el fallecimiento de 774 personas en 2004, aunque desapareció posteriormente.

Sin embargo, el Coronavirus del Síndrome Respiratorio del Medio Oriente (MERS) (MERS-CoV), un patógeno zoonótico letal que se identificó por primera vez en humanos en el Reino de Arabia Saudita (KSA) en 2012, continúa emergiendo y reapareciendo con casos esporádicos intermitentes, grupos comunitarios y brotes nosocomiales.

Las secuencias del Betacoronavirus de Wuhan muestran similitudes con los betacoronavirus encontrados en murciélagos; sin embargo, el virus es genéticamente distinto de otros coronavirus como el Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio (SARS) y el Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio del Medio Oriente (MERS).  Al igual que SARS-CoV, es miembro del linaje Beta-CoV B (es decir, subgénero Sarbecovirus ).  En el Centro Chino para el Control y Prevención de Enfermedades, Instituto de Biología de Patógenos de China, y Hospital Wuhan Jinyintan, se han aislado 18 cepas del nuevo Coronavirus habiendo informado de los genomas del nuevo Coronavirus, incluidos BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-01/2019; BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020; BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-05/2019; BetaCoV / Wuhan / WIV04 / 2019 y BetaCoV / Wuhan / IPBCAMS-WH-01/2019. Su secuencia de ARN es de aproximadamente 30.000 nucleótidos de longitud. El nuevo genoma ha llevado a varios experimentos de modelado de proteínas nCoV spike (S) de unión al receptor (RBD). Dos grupos chinos, a partir del 23 de enero de 2020, creen que la proteína S posee suficiente afinidad con el receptor de SARS (enzima convertidora de angiotensina 2, ACE2) para usarla como mecanismo de entrada celular. 

Los síntomas de la infección incluyen fiebre (> 90% de los casos), malestar, tos seca (80%), dificultad para respirar (20%) y dificultad respiratoria (15%). Los signos vitales son estables en la mayoría de los casos, mientras que la leucopenia y la linfopenia son frecuentes. Los criterios clínicos de los CDC (EE.UU.) para un paciente bajo investigación de infección por 2019-nCoV se han desarrollado sobre la base de lo conocido sobre MERS-CoV y SARS-CoV y están sujetos a cambios a medida que se disponga de información adicional. En este momento los síntomas de 2019-nCoV pueden aparecer en tan solo 2 días o hasta 14 después de la exposición, basado en lo que se ha visto anteriormente como el período de incubación de virus MERS.

Cualquier persona que cumpla con los criterios epidemiológicos y clínicos debe hacerse la prueba para 2019-nCoV:

Criterios epidemiológicos: personas con antecedentes de viaje a la ciudad de Wuhan, China, en los 14 días antes del inicio de la enfermedad; o cualquier persona que esté en contacto cercano con un caso confirmado por laboratorio de 2019-nCoV en los 14 días anteriores al inicio de la enfermedad.

Criterios clínicos: personas con síntomas clínicos compatibles con infección respiratoria aguda grave que busque atención médica o que ingrese al hospital con evidencia clínica o radiológica de neumonía; o cualquier persona con fiebre o antecedentes recientes de fiebre (≥ 38°C) e infección respiratoria aguda (aparición repentina de infección respiratoria con uno o más de los siguientes síntomas: dificultad para respirar, tos o dolor de garganta).

No existe un tratamiento antiviral específico recomendado o vacuna contra el virus 2019-nCoV disponible actualmente.

Aunque no hay tratamiento específico para los Coronavirus humanos en general, el Centro para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC, EE.UU.) aconseja los mismos cuidados genéricos que una persona infectada puede aliviar los síntomas tomando medicamentos habituales para la gripe con regularidad, bebiendo líquidos y reposo.

Para prevenir la infección, la OMS recomienda el "lavado de manos regular, cubrirse la boca y nariz cuando se vaya a toser y estornudar, y evitar el contacto cercano con personas que muestren síntomas de enfermedades respiratorias, tales como tos o estornudos". ​La mejor manera de prevenir la infección es evitar exponerse a este virus.

Pruebas realizadas en IVAMI:

  • Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real).

Muestra recomendada: 

  • Tipos de muestras de casos humanos sospechosos de infección por 2019nCoV:

Material respiratorio (torunda nasofaríngea y orofaríngea en pacientes ambulatorios y esputo (si se produce) y/o aspirado endotraqueal en pacientes con enfermedad respiratoria más grave).

Hisopo nasofaríngeo y orofaríngeo: hisopos de Dacrón o poliéster, ≤ 5 días: 4°C, > 5 días: -70°C.

Lavado broncoalveolar: recipiente estéril: ≤ 48 horas: 4°C, > 48 horas: –70°C.

Aspirado endotraqueal, nasofaríngeo, aspirado o lavado nasal: recipiente estéril: ≤48 horas: 4°C, > 48 horas: –70°C.

Tejido pulmonar de biopsia o necropsia: recipiente estéril con solución salina: ≤ 24 horas: 4°C, > 24 horas: –70°C.

  • Para aumentar la probabilidad de detectar la infección 2019-nCoV, se recomiendan recoger y analizar múltiples muestras clínicas de diferentes sitios, incluidos muestras de las vías respiratorias inferiores y superiores.
  • En analogía con otras infecciones respiratorias virales, es probable que las muestras respiratorias recogidas en la fase inicial durante el curso de la infección contengan mayores concentraciones de virus. 

Conservación y envío de la muestra:

Uso de contenedor de seguridad biológica para envío de muestras infecciosas.

  • Refrigerada (preferido) durante menos de 2 días.
  • Congelada: más de 48 horas.

Plazo de entrega: 

  • Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real): 24 a 48 horas días laborables. 

Coste de la prueba:  

  • Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real): Consultar a ivami@ivami.com.