Coronavirus SARS-CoV-2 (COVID-19; 2019nCoV; Wuhan Coronavirus): Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real).
Información 22-01-2020 //31-01-2020//10-02-2020//06-03-2020.
El SARS-CoV-2 (COVID-19; 2019nCoV; Wuhan Coronavirus), también llamado virus de neumonía del mercado de mariscos de Wuhan y virus de la neumonía de Wuhan, es un virus que pertenece a la familia de los Coronavirus (Coronaviridae) con ARN monocatenario positivo (+ssRNA).
La epidemia de neumonía por un nuevo coronavirus de 2019-2020, comenzó a mediados de diciembre de 2019 en la ciudad de Wuhan, provincia de Hubei, en China central, cuando apareció un grupo de personas con neumonía de causa desconocida, vinculada principalmente a trabajadores del Mercado de Mariscos de Huanan, dedicado a la venta de animales vivos. Posteriormente, los científicos chinos aislaron un nuevo tipo de Coronavirus que fue denominado 2019-nCoV, y que tiene una similitud de al menos el 70% en su secuencia genética con el SARS-CoV.
El primer caso sospechoso fue informado el 31 de diciembre de 2019, después de tres semanas de la aparición de los primeros afectados con síntomas, el 8 de diciembre de 2019. El primer fallecimiento por el virus ocurrió en un varón de 61 años el 9 de enero del 2020, cliente habitual del mercado de Wuhan, que ingresó en el hospital por insuficiencia respiratoria y neumonía grave. El paciente padecía enfermedades subyacentes significativas, incluyendo enfermedad hepática crónica (con un tumor abdominal y cirrosis).
El 31 de diciembre de 2019, la Comisión Municipal de Salud de Wuhan informó de un grupo de 27 casos de neumonía de etiología desconocida, incluidos siete casos graves, que tenían en común la asistencia a un mercado mayorista de peces y animales vivos en el que se vende diferentes especies animales. Los casos mostraron síntomas comunes de varias enfermedades respiratorias como fiebre, disnea y pruebas radiológicas compatibles con infiltrados pulmonares bilaterales.
El mercado donde se pensó que se originó el brote fue cerrado el 1 de enero de 2020 y los afectados con síntomas fueron aislados. Algunos casos no informaron ninguna exposición a este mercado específico, sino a otros mercados de alimentos en Wuhan. En algunos casos no hubo conexión directa con un mercado de alimentos. El 9 de enero 2020, la OMS confirmó que se había aislado un nuevo tipo de Coronavirus en una persona hospitalizada.
Aunque el virus parece transmitirse a los humanos a partir de animales, aún se deben identificar los animales concretos hospedadores, la virulencia/patogenicidad del nuevo coronavirus, la ruta de transmisión, el período de incubación, las características de la población susceptible y las tasas de supervivencia.
La Comisión Nacional de Salud de China confirmó el 20 de enero del 2020 que este nuevo Coronavirus puede transmitirse entre personas. La Organización Mundial de la Salud advirtió que podría originarse una epidemia internacional, y se incrementaron los temores debido a la cercanía de las celebraciones del Año Nuevo Chino.
Cuando se ha propagado entre personas, como ocurre con los Coronavirus MERS y SARS, se cree que la transmisión se produce a través de gotitas respiratorias producidas cuando una persona infectada tose o estornuda, de manera similar a cómo se propagan otros patógenos respiratorios. Todavía no está claro con qué facilidad 2019-nCoV se propaga de persona a persona.
Se desconoce el potencial de transmisión del 2019-nCoV a través de sustancias de origen humano (SoHO). También se desconoce la posible viremia durante el período de incubación de la enfermedad, durante un posible curso de infección asintomático o después de la resolución de los síntomas. Por lo tanto, hasta que haya más información disponible sobre la epidemiología y la patogénesis de esta infección, las autoridades de seguridad de SoHo en los países de la UE/EEE recomiendan seguir la recomendación utilizada para SARS-CoV y MERS-CoV. Esto implica un aplazamiento preventivo de la donación de donantes de sangre, células y tejidos durante 21 días después de una posible exposición a un caso confirmado o después de regresar de China.
La Organización Mundial de la Salud (OMS) convocó a una reunión de su Comité de Emergencia para el 22 de enero, con el fin de determinar si la epidemia constituye un riesgo de salud pública de interés internacional, bajo las regulaciones del Reglamento Sanitario Internacional.
El 22 de enero de 2020 la revista científica Journal of Medical Virology publicó un informe con el análisis genómico que refleja que las serpientes en el área de Wuhan (Bungalus multicinctus), una serpiente altamente venenosa, existente en el Mercado de Alimentos de Wuhan) son el reservorio de animales de vida silvestre más probable para el virus, pero se requiere continuar con las investigaciones para confirmarlo.
El virus se ha extendido a Bangkok (Tailandia), Tokio (Japón), Seúl (Corea del Sur), Pekín (China), Shanghái (China), Guangdong (China), Dayuan (Taiwan), Hong Kong (China) Macao (China), EE.UU., Vietnam y Singapore. Ha habido al menos 17 muertes, principalmente en y alrededor de Wuhan, y se han producido al menos hasta ahora 913 casos conocidos (información 22 de enero de 2020). El Medical Research´s Center for Global Infectious Disease Analysis del Imperial College of London, estima que hasta 4.000 personas están infectadas con el Coronovirus en la ciudad de Wuhan.
Para limitar la epidemia, las autoridades chinas han implementado una serie de medidas extraordinarias de distanciamiento social, como la cancelación de las celebraciones del Año Nuevo Lunar y el cierre de cines y parques temáticos. Además, los sistemas de transporte público se han cerrado, el aeropuerto de Wuhan Tianhe se cerró el 23 de enero y se han aplicado controles de salida estrictos desde varias ciudades grandes en la provincia de Hubei. A partir del 24 de enero de 2020, todo el transporte público se suspendió en al menos 10 ciudades cercanas a Wuhan. El 26 de enero, las autoridades ordenaron una prohibición temporal del comercio de animales salvajes en toda China. Aunque la efectividad y los efectos colaterales de estas medidas son difíciles de predecir, se espera que limiten la probabilidad inmediata de una mayor propagación del virus a través de los viajeros que regresan de la provincia de Hubei y China en general.
Actualización de incidencia de casos (10-02-2020):
Desde el 31 de diciembre de 2019 y hasta el 10 de febrero de 2020, se ha informado de 40.553 casos confirmados por laboratorio de la nueva infección por coronavirus SARS-CoV-2 (2019nCoV; Wuhan Coronavirus), con más de 70 casos importados en otros países de todo el mundo, incluidos 37 casos reportados en la UE/EEE y el Reino Unido y 910 fallecimientos (uno fuera de China, en Filipinas). Según los medios, uno de los fallecimientos fue el de un médico que trabajaba en un hospital en Wuhan y que había tratado a pacientes de 2019-nCoV (ECDC 31 enero 2020).
El 20 de enero, las autoridades sanitarias chinas confirmaron la transmisión de persona a persona fuera de la provincia de Hubei. La transmisión de persona a persona actualmente es evidente dentro y fuera de China (por ejemplo, Vietnam, Taiwán, Alemania) y se han informado casos entre trabajadores de la salud.
El 24 de enero de 2020, los tres primeros casos importados en la Unión Europea de infección por 2019-nCoV se identificaron en Francia y se notificó un caso adicional el 29 de enero de 2020. El 28 de enero, se informó en Alemania de un grupo de cuatro casos adquiridos localmente, con enlaces indirectos a Wuhan. El 29 de enero, Finlandia notificó un caso importado de infección.
El 30 de enero de 2020, el director de la OMS declaró que el brote de 2019-nCoV constituye un PHEIC (Public Health Emergencies of International Concern), es decir una situación de emergencia de Salud Pública de interés Internacional (ver https://www.who.int/ihr/procedures/pheic/en/), sometidas a Regulaciones Sanitarias Internacionales (IHR: International Health Regulations, 2005) (ver https://www.who.int/ihr/publications/9789241596664/en/).
En España el 31 de enero de 2020, las autoridades sanitarias españolas informaron el primer caso en La Gomera. Se trataba de uno de los cinco alemanes que habían sido aislados en un hospital por haber estado en contacto con una persona afectada por el Coronavirus en Alemania.
El origen del virus aún no está claro. La fuente de infección es desconocida y aún podría estar activa. Quedan muchas incógnitas con respecto a la virulencia/patogenicidad del nuevo coronavirus, el modo de transmisión, el reservorio y la fuente de infección. Hasta ahora, los datos epidemiológicos detallados disponibles aún son limitados y, por lo tanto, existen incertidumbres significativas en esta evaluación de riesgos.
En total se han informado del siguiente número de casos en las siguientes regiones y países:
- Asia: China (31 217), Japón (86), Singapur (30), Tailandia (25), República de Corea (24), Malasia (14), Taiwán (16), Vietnam (12), Emiratos Árabes Unidos (5), India (3), Filipinas (3), Camboya (1), Nepal (1) y Sri Lanka (1).
- Europa y Oriente medio: Francia (6, uno de ellos adquirido localmente), Alemania (13, 11de ellos adquiridos localmente), Italia (3, importados), Reino Unido (3, importados), Bélgica (1, importado), Suecia (1, importado) y Finlandia (1, importado), España (1, importado), Emiratos árabes (4).
- América: Estados Unidos (12) y Canadá (7).
- Oceanía: Australia (15).
Características del virus y su patología
Este nuevo Coronavirus SARS-CoV-2 (2019nCoV; Wuhan Coronavirus) pertenece al Phylum Riboviria, Orden Nidovirales, Familia Coronaviridae, Género Betacoronavirus, Subgénero Sarbecovirus. Sus sinónimos actuales son: Wuhan Coronavirus, Wuhan flu (gripe de Wuhan), Wuhan pneumonia (neumonía de Wuhan), Yewi (wild animal) pneumonia o Wuhan seafood market pneumonia virus (virus de la neumonía del mercado de mariscos de Wuhan).
Los Coronavirus son una gran familia de virus que son comunes en muchas especies diferentes de animales, incluidos camellos, vacas, gatos y murciélagos. En raras ocasiones, los Coronavirus animales pueden infectar a las personas y luego propagarse entre personas, como ocurre con los Coronavirus causantes de MERS y SARS.
Este brote recuerda el brote de Coronavirus ocurrido previamente en China en 2003, causante del síndrome respiratorio agudo severo (SARS/SRAS), causado por el nuevo Coronavirus SARS-CoV. El SARS-CoV se propagó rápidamente a otros países desde el Sur de China en 2003 e infectó a más de 3.000 personas, causando el fallecimiento de 774 personas en 2004, aunque desapareció posteriormente.
Sin embargo, el Coronavirus del Síndrome Respiratorio del Medio Oriente (MERS) (MERS-CoV), un patógeno zoonótico letal que se identificó por primera vez en humanos en el Reino de Arabia Saudita (KSA) en 2012, continúa emergiendo y reapareciendo con casos esporádicos intermitentes, grupos comunitarios y brotes nosocomiales.
El número reproductivo básico (R0), para estimar la velocidad con la que una enfermedad puede propagarse en una población, se ha calculado en 2,2 (IC del 95%: 1,4 a 3,9). Esto implica una transmisibilidad similar al SARS (pre-intervención R0 = 2 a 3) y superior al MERS (R0 = 0,7). Se estima que el período de incubación promedio es de 5,2 días (IC del 95%, 4,1 a 7,0), con el percentil 95 de la distribución a los 12,5 días, lo que permite usar 14 días como una definición operativa para el seguimiento y monitorización de los contactos.
Las secuencias del SARS-CoV-2 (2019nCoV; Wuhan Coronavirus) muestran similitudes con los betacoronavirus encontrados en murciélagos; sin embargo, el virus es genéticamente distinto de otros coronavirus como el Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio (SARS) y el Coronavirus relacionado con el síndrome respiratorio del Medio Oriente (MERS). Al igual que SARS-CoV, es miembro del linaje Beta-CoV B (es decir, subgénero Sarbecovirus ). En el Centro Chino para el Control y Prevención de Enfermedades, Instituto de Biología de Patógenos de China, y Hospital Wuhan Jinyintan, se han aislado 18 cepas del nuevo Coronavirus habiendo informado de los genomas del nuevo Coronavirus, incluidos BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-01/2019; BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-04/2020; BetaCoV / Wuhan / IVDC-HB-05/2019; BetaCoV / Wuhan / WIV04 / 2019 y BetaCoV / Wuhan / IPBCAMS-WH-01/2019. Su secuencia de ARN es de aproximadamente 30.000 nucleótidos de longitud. El nuevo genoma ha llevado a varios experimentos de modelado de proteínas nCoV spike (S) de unión al receptor (RBD). Dos grupos chinos, a partir del 23 de enero de 2020, creen que la proteína S posee suficiente afinidad con el receptor de SARS (enzima convertidora de angiotensina 2, ACE2) para usarla como mecanismo de entrada celular.
Los síntomas de la infección incluyen fiebre (> 90% de los casos), malestar, tos seca (80%), dificultad para respirar (20%) y dificultad respiratoria (15%). Los signos vitales son estables en la mayoría de los casos, mientras que la leucopenia y la linfopenia son frecuentes. Los criterios clínicos de los CDC (EE.UU.) para un paciente bajo investigación de infección por 2019-nCoV se han desarrollado sobre la base de lo conocido sobre MERS-CoV y SARS-CoV y están sujetos a cambios a medida que se disponga de información adicional. En este momento los síntomas de SARS-CoV-2 pueden aparecer en tan solo 2 días o hasta 14 después de la exposición, basado en lo que se ha visto anteriormente como el período de incubación de virus MERS.
Las estimaciones de la gravedad y la tasa de letalidad deben interpretarse con precaución en esta etapa. Las tasas de letalidad reportadas varían de 4% en la Declaración del Comité de Emergencia de la OMS, a 14% cuando solo se incluyen casos recuperados y muertes en el denominador, y 15% en la publicación de una pequeña serie de casos de pacientes hospitalizados. Un estudio más reciente de 99 casos hospitalizados entre el 1 de enero y el 20 de enero informó que a 25 de enero, el 31% había sido dado de alta, el 11% había fallecido y el 58% seguía ingresado con resultados finales desconocidos en este momento.
Cualquier persona que cumpla con los criterios epidemiológicos y clínicos debe hacerse la prueba para 2019-nCoV:
- Criterios epidemiológicos: personas con antecedentes de viaje a la ciudad de Wuhan, China, en los 14 días antes del inicio de la enfermedad; o cualquier persona que esté en contacto cercano con un caso confirmado por laboratorio de 2019-nCoV en los 14 días anteriores al inicio de la enfermedad.
- Criterios clínicos: personas con síntomas clínicos compatibles con infección respiratoria aguda grave que busque atención médica o que ingrese al hospital con evidencia clínica o radiológica de neumonía; o cualquier persona con fiebre o antecedentes recientes de fiebre (≥ 38°C) e infección respiratoria aguda (aparición repentina de infección respiratoria con uno o más de los siguientes síntomas: dificultad para respirar, tos o dolor de garganta).
No existe un tratamiento antiviral específico recomendado o vacuna contra el virus 2019-nCoV disponible actualmente.
Aunque no hay tratamiento específico para los Coronavirus humanos en general, el Centro para el Control y Prevención de Enfermedades (CDC, EE.UU.) aconseja los mismos cuidados genéricos que una persona infectada puede aliviar los síntomas tomando medicamentos habituales para la gripe con regularidad, bebiendo líquidos y reposo.
Para prevenir la infección, la OMS recomienda el "lavado de manos regular, cubrirse la boca y nariz cuando se vaya a toser y estornudar, y evitar el contacto cercano con personas que muestren síntomas de enfermedades respiratorias, tales como tos o estornudos". La mejor manera de prevenir la infección es evitar exponerse a este virus.
Pruebas realizadas en IVAMI:
- Diagnóstico molecular (RT-PCR en tiempo real).
Muestra recomendada:
- Tipos de muestras de casos humanos sospechosos de infección por 2019nCoV:
- Material respiratorio (torunda nasofaríngea y orofaríngea en pacientes ambulatorios y esputo (si se produce) y/o aspirado endotraqueal en pacientes con enfermedad respiratoria más grave).
- Hisopo nasofaríngeo y orofaríngeo: hisopos de Dacrón o poliéster, ≤ 5 días: 4°C, > 5 días: -70°C.
- Lavado broncoalveolar: recipiente estéril: ≤ 48 horas: 4°C, > 48 horas: –70°C.
- Aspirado endotraqueal, nasofaríngeo, aspirado o lavado nasal: recipiente estéril: ≤48 horas: 4°C, > 48 horas: –70°C.
- Tejido pulmonar de biopsia o necropsia: recipiente estéril con solución salina: ≤ 24 horas: 4°C, > 24 horas: –70°C.
- Para aumentar la probabilidad de detectar la infección 2019-nCoV, se recomiendan recoger y analizar múltiples muestras clínicas de diferentes sitios, incluidos muestras de las vías respiratorias inferiores y superiores.
- En analogía con otras infecciones respiratorias virales, es probable que las muestras respiratorias recogidas en la fase inicial durante el curso de la infección contengan mayores concentraciones de virus.
Conservación y envío de la muestra:
- Uso de contenedor de seguridad biológica para envío de muestras infecciosas.
- Refrigerada (preferido) durante menos de 2 días.
- Congelada: más de 48 horas.